Su nombramiento como gobernador de
Chile fue uno de los últimos actos administrativos del virrey del Perú Pedro Álvarez de Toledo y Leiva, Marqués de Mancera, quien remitió a
Chile una lista de tres posibles nombres. Siendo Figueroa el único vivo de entre los nominados, fue formalmente investido en Concepción en mayo de 1649.
Aparentemente dispuesto a poner en marcha una nueva campaña militar contra los mapuches se comunicó con el Perú pidiendo mayores recursos. En tanto, en Lima había asumido el virrey García Sarmiento de Sotomayor, Conde de Salvatierra, quien decidió no confirmar a Figueroa en su puesto por julio del mismo año de 1649.
Este rechazo desalentó a Figueroa de sus proyectos más ambiciosos. Pero la continuación de las hostilidades le obligó pronto a poner columnas militares en movimiento. El 24 de diciembre un fuerte cercano a Valdivia fue asaltado por los indígenas comarcanos, guiados por un español desertado del ejército. El ataque fue un éxito mapuche, pues casi toda la guarnición murió. Los que salvaron la vida fueron tomados prisioneros y la empalizada, fue incendiada. Más al sur, el jesuita Agustín Villaza era secuestrado.
Figueroa movió tropas en los alrededores de Valdivia y Boroa. Además, desembarcó una fuerza respetable en Carelmapu, bajo el mando del recién nombrado gobernador de Chile, Ignacio de la Carrera Iturgoyen, con instrucciones de adentrarse en el continente y enfrentar a las tribus de Osorno.
Esta era la situación del reino cuando el 4 de mayo de 1650 atracó el barco que traía al gobernador titular,
Francisco Antonio de Acuña Cabrera y Bayona. Terminaba entonces el gobierno de Figueroa.